Rottien torjuntaan kohdistuu hiiriä suurempia ympäristö- ja altistumisriskejä.
Rottien torjunnassa käytettävät myrkkyannokset ovat suurempia kuin hiirien torjunnassa, ja torjunta tapahtuu yleensä ulkona, mikä voi altistaa muut eläimet myrkyille. Lisäksi tietyt jyrsijämyrkyt sisältävät antikoagulantteja eli veren hyytymistä estäviä aineita, jotka on luokiteltu lisääntymiselle vaarallisiksi.
Rottien torjunta on rajattu ammattilaisille, jotka osaavat toteuttaa torjunnan hallitusti, tehokkaasti ja kohdennetusti. Rotat ovat älykkäitä eläimiä ja ne liikkuvat laajoilla alueilla sekä elävät isoissa populaatioissa. Onnistunut rottien torjunta edellyttää näin myös tietämystä rottien käyttäytymisestä ja elintavoista.
Kuluttajat voivat itse torjua rottia parhaiten huolehtimalla kiinteistön ja jätepisteen siisteydestä ja suojaamisesta sekä käyttämällä mekaanisia loukkuja. Laajoissa rottaongelmissa kannattaa aina kääntyä ammattilaisten puoleen.