Hiiri on kooltaan rottaa pienempi. Aikuinen hiiri mahtuu kulkemaan pienimillään vain 7 millimetrin rei’istä sisään ja poikaset tätäkin pienemmistä. Hiiren korvat ja pää ovat suuret suhteessa sen muuhun kehoon ja häntä on ohut ja pitkä. Rotalla on suuri pää ja jalat verrattuna muuhun kehoon sekä paksu ja pitkä häntä.
Metsähiiri painaa noin 10–45 grammaa, kun taas isorotta (Rattus norvegicus) painaa noin 250–350 grammaa. Jyrsijöiden ulostejälkien koosta voi siis päätellä, onko kyseessä hiiri vai rotta.